Takich potajemnych egzekucji było tu co najmniej 20, między grudniem 1939 r. a lipcem 1941 r. Pochłonęły ok. 1700 Polaków i polskich Żydów. Na polanę śmierci byli przewożeni ciężarówkami z warszawskich więzień i aresztów.

W pierwszych miesiącach okupacji kilkuset mieszkańców Warszawy zostało zamordowanych na tyłach gmachu Sejmu RP, w tzw. ogrodach sejmowych. Ale tych zbrodni na dłuższą metę nie udało się ukryć, stąd pomysł przeniesienia ich do puszczy.
Więźniowie pierwszych transportów nie wiedzieli, że jadą na śmierć. Niemcy dla odwrócenia uwagi wywozili ich na ogół o świcie, pozwalali zabrać rzeczy osobiste, paczki z żywnością, a nawet więzienny depozyt czy dodatkowe porcje chleba. Później, gdy wiedza o zbrodni w Palmirach stała się powszechna, skazańcy wyrzucali z ciężarówek kartki ze swoimi imionami i nazwiskami, czy drobiazgi osobiste z nadzieją, że pozwoli to na odnalezienie ich zwłok.
W Palmirach zginęła Agnieszka Dowbor-Muśnicka, członkini antyniemieckiej Organizacji Wojskowej „Wilki”. Druga córka gen. Józefa Dowbora-Muśnickiego, Janina Lewandowska została zamordowana przez Sowietów w Katyniu (jako jedyna kobieta). Różnica między mordowaniem w Katyniu i Palmirach polegała w zasadzie tylko na tym, że sowieci strzelali z pistoletu w tył głowy, a Niemcy z broni maszynowej. Ciała spadały bezwładnie do wykopanych wcześniej zbiorowych dołów śmierci. Potem Niemcy sadzili tam młode sosny. Rodziny informowano o śmierci krewnego „z przyczyn naturalnych”, na ogół w wyniku ataku serca.
Mimo iż oprawcy szczelnie zabezpieczali teren egzekucji, masowych zbrodni nie udało się utrzymać w tajemnicy. Miejscowa ludność widziała przejeżdżające ciężarówki, z okolic polany dobiegały strzały i jęki. 
„Każdy SS-man prowadzi jednego więźnia pod ramię, podtrzymuje go troskliwie, gdyby, idąc z zawiązanymi oczami, potknął się lub zachwiał. Czoło kolumny osiąga niewielką polanę otuloną z dwóch stron niewysokim nasypem, na wzrost mężczyzny. U podnóża nasypu żółci się świeżo wykopany długi na kilkadziesiąt metrów rów, mogący skryć leżącego człowieka.” – napisał w beletryzowanych wspomnieniach „Z otchłani” mój Ojciec Tadeusz Płużański, którego koledzy z liceum im. Tadeusza Czackiego, a zarazem antyniemieckiej konspiracji, zginęli w Palmirach.
Miejsca bezimiennych dołów oznaczali następnie – z narażeniem życia – leśnicy. Dzięki temu udało się po wojnie ekshumować i zidentyfikować dużą część ofiar.
Ciekawe, czy za zbrodnię w Palmirach Niemcy też nie czują się odpowiedzialni, również w sensie odszkodowań… Ale gdzie ta odpowiedzialność, skoro onet.pl tekst o romansowaniu Polek z okupantami niemieckimi zilustrował fotografią kobiet prowadzonych przez niemieckich żołnierzy na egzekucję w Palmirach.