We wrześniu 1939 r. służył ochotniczo jako kapelan w oddziałach Samodzielnej Grupy Operacyjnej „Polesie” gen. Franciszka Kleeberga. Następnie działał w konspiracji. 3 lipca 1940 r. został aresztowany przez Niemców. Nie ugiął się, gdy Niemcy usiłowali go zmusić do podpisania volkslisty. 14 sierpnia 1940 r. wywieziono go do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz.

Postać Księdza przypominała katolicka pisarka Zofia Kossak-Szczucka, inicjatorka powstania Rady Pomocy Żydom „Żegota”. (Kossak-Szczucka aresztowana przez Niemców w 1943 r. także trafiła do Auschwitz-Birkenau.) O Księdzu tak pisała:

„ (…) młodziutki ks. Poeplau z diecezji pomorskiej, nie zważając na razy, wychodził w czasie apelu z szeregu, by pochylić się nad konającym towarzyszem, udzielić mu absolucji. Oprawcy odpychali go i tłukli, nie mogli jednak przeszkodzić wypowiedzeniu sakramentalnych słów: „Indulgentiam, absolutionem et remissionem peccatorum …” – spływających na umierającego smugą przebaczenia (…) I najmniej wrażliwi nawet czuli powagę rozgrywającej się sceny. Ksiądz i moribundus zdawali się usuwać w sferę wieczności, gdzie złość i przemoc ludzka nie sięgają (…) Naprzeciw brutalnej przemocy stawała moc wyższa, nie dająca okiełznać się, ani zahamować. Oprawcy mogli księdza i penitenta zabić, ale nie mogli jednak sparaliżować tajemniczego skutku słów: Indulgentiam … (…) łatwo zrozumieć, skąd wypływała nienawiść żywiona przez katów do wszystkiego, co tchnęło Bogiem, albo służbą Bożą (…)”

„ (…) Ulubioną rozrywka Esesów jest przymuszanie księży do śpiewania bluźnierczych, pornograficznych piosenek. Niejednokrotnie, by zachować życie dla ważniejszych potrzeb, księża udawali, że wykonują ten rozkaz, mrucząc coś niewyraźnie lub podkładając pod melodię inne słowa. (…) Ksiądz Poeplau odmówił śpiewu: „Jestem księdzem i podobnych słów nie wypowiem”. Niewykonanie rozkazu w obozie nie może mieć innej konsekwencji niż śmierć. W obecności wszystkich zaczęła się egzekucja. Kilku rosłych, silnych drabów biło zagłodzonego chudzinę. Na tle ich tęgich postaci jakże się zdawał słaby i bezbronny! Jednak z nieugiętą mocą powtarzał: „Śpiewać nie będę”. A oni nalegali. Chcieli nie tylko go zabić, ale przed śmiercią załamać. Bili bykowcami, pałkami gumowymi, kopali podkutymi obcasami. Uczynili z jego ciała jedną ranę, połamali żebra, odbili wnętrzności. Po każdej nawałnicy uderzeń stawiali go pod ścianą i podpierając bezwładny strzęp ciała drągiem, krzyczeli: „Śpiewaj!” – Nie mógł już mówić i trząsł tylko głową przecząco. Tak zginął.” 28 sierpnia 1940 w obozie koncentracyjnym Auschwitz.

27 stycznia minęło siedemdziesiąt trzy lata od wyzwolenia Auschwitz-Birkenau.

Romuald Szeremietiew