Widząc, jak mieszkańcy królewskiego miasta się organizują, komuniści w ostatniej chwili zakazali patriotycznej manifestacji. Świetnie zdawali sobie sprawę, bo głupcami jednak nie byli, że uroczystości będą nie aktem poparcia, ale sprzeciwu wobec ich uzurpatorskiej władzy. Obawiali się nade wszystko, że święto przekuje się na poparcie dla wciąż potężnej opozycyjnej siły: Polskiego Stronnictwa Ludowego Stanisława Mikołajczyka. Z kolei nieświadomi nielegalności obchodów studenci Akademii Górniczej za zgodą rektora wyruszyli spod gmachu uczelni na uroczyste nabożeństwo do kościoła Mariackiego.

Przy takim obrocie spraw na tragiczny rozwój wypadków nie trzeba było długo czekać. Przecież „ludowa” władza była nie tylko narzucona siłą, ale wprost przestępcza. Gorąco zaczęło się już na rogu ul. Jagiellońskiej i Szewskiej, gdzie kilku agentów UB po cywilnemu wezwało maszerujących do przerwania zakazanej manifestacji. Grozili młodzieży bronią. Dwaj studenci, którzy zgodzili się wyjaśnić to zamieszanie u rektora, trafili wprost do aresztu UB przy pl. Inwalidów. Przetrzymywano ich tam przez kilka dni.

Nie mogąc się doczekać powrotu "zawiezionych na rozmowę do rektora" kolegów, pochód ruszył. Bezpieka nie próbowała go już zatrzymywać. Do studentów cały czas dołączali spontanicznie krakowianie. Świętującym udało się dotrzeć do kościoła Mariackiego, gdzie bez zakłóceń odbyła się patriotyczna msza święta.

Po jej zakończeniu postanowiono zgodnie z planem okrążyć rynek, by ul. św. Anny wrócić pod gmach Akademii Górniczej. Jednak na rogu ul. Wiślanej i św. Anny przed siedzibą Polskiej Partii Robotniczej doszło do eskalacji konfliktu. Padło kilka przypadkowych strzałów, ale wtedy jeszcze nie było ofiar. Demonstranci zaczęli wykrzykiwać różne "antypaństwowe" okrzyki, np. "Precz z Bierutem" czy "Precz z okupacją sowiecką". Tego partia już nie zniosła.

Do stłumienia protestu komuniści użyli m.in. samochodu pancernego, z którego strzelano z broni maszynowej, ustawionego na plantach w okolicy ul. Szewskiej, i kawalerii Korpusu Bezpieczeństwa Wewnętrznego. 

Nazajutrz krakowianie składali kwiaty i znicze w miejscach ranienia i śmierci protestujących. Ilości i nazwisk prześladowanych i zabitych nie znamy do dziś.

Manifestacje 3-majowe odbyły się również w Chrzanowie, Jaworznie i Wieliczce. Solidarnościowe protesty podjęli studenci Poznania, Wrocławia, Trójmiasta, Torunia i Warszawy. Tam też komuniści użyli broni, a potem skazali, także na wieloletnie wyroki, 27 osób. Była to zapowiedź jeszcze bardziej krwawych stalinowskich represji w całej podbitej przez Sowietów Polsce.